IF YOU ARE NOT DANCING, THEN SOMEONE MAKE YOU DANCE

Windows XP/Vistaで隠しファイルを表示にしも見えないファイル

2008-04-04T21:34:00.003+09:00

PSPに使っているメモリスティックが, 使用している領域は小さいにも関わらず, 残りの容量がひどく少なくなるということがあった. 最初はフォーマットしなおして使っていたのだが, すぐに同じ状態になったため, 調べてみた. 結論を言うと, フォルダオプションの表示で「すべてのファイルとフォルダを表示する」にしてもまだ表示されないファイルやフォルダがある(!). 実際にはメモリスティック上で消されたファイルが, 復元可能なようにメモリスティック上に隠されたゴミ箱へ移動され, それが残っていたらしい. このゴミ箱は通常表示されない. これは同じくフォルダオプションの表示タブから「保護されたオペレーティングシステムファイルを表示しない (推奨)」のチェックを外すと見えるようになる.

PythonのUnicodeで混乱

2008-04-02T18:39:00.003+09:00

PythonでUnicodeのテキストを扱う場合は, u'テキスト'のように記述するか, 通常のテキストsに対してunicode( s )のようにすれば良い. テキストを読み込んでその一部をWindowsにおいてファイル名に指定するというスクリプトを作成している際に, 一部のテキストでそれができない(UnicodeEncodeErrorでとまる)ことがあった. 確認するとラテン語などが含まれている. このような例外を処理するために, 特定のasciiに対応していない文字をアルファベットに変換して使うことにした.

print unicode( originalText ).replace( u'\xe1', u'a' ).encode( 'shift_jis' )

Unicodeを含む文字列が来た場合, Pythonでは自動的にUnicodeオブジェクトにするため, 最初のunicodeは必要ないかもしれない. http://www.geocities.jp/tan9ent/unicode.html http://www.trickpalace.net/data/charcode/jisx0212.htm

ナノプシャン

2008-04-02T18:18:00.003+09:00

http://ja.wikipedia.org/wiki/ナノプシャン http://ja.wikipedia.org/wiki/シクロアワオドリン

Windowsでファイルを復元

2008-04-02T11:44:00.004+09:00

なぜか理由がまったくわからないのだが(再発しそうで恐ろしい), 突然USBメモリ上のディレクトリが丸々ひとつ消えていた. いくつかのファイルやディレクトリはそのまま残っており, そのディレクトリだけ消えている. 誤って削除したかと思ったが, USBメモリの使用率をみるとそのディレクトリの分は使用分として換算されているのでデータは残っていそうな気配. 調べてみるとWindowsのコマンドプロンプトからファイル復元コマンドがあることがわかり試す.

C:\> chkdsk g: /F

gドライブなのでg:と入力する. これでファイルはすべて帰ってきたのだが, ファイル名は復元できなかった. 大量の文書ファイルが未整理のまま復元された(FILE0000.CHKのようになる)orz 比較的大きいファイルの場合, 分割してCHKファイルが生成される場合もあるらしく, 復元するにはちゃんとしたソフトウェアを使うのが良いのかもしれない.

Meadowのプログラミングモードで色をつける

2008-03-28T18:21:00.003+09:00

MeadowをインストールしてPerlのスクリプトを開いたところ, perl-modelにはなっているのだが, 色がついていない. どうやら.emacsをちゃんと設定しなかったため, 色だけがついていなかった.

(global-font-lock-mode t)

だが, Pythonはpython-modeが入っていないので別にインストールする必要がある. http://d.hatena.ne.jp/odz/20060901/1157160871 P.S. と思ったら, 全く同じことを以前に書いていたw http://bettamodoki.blogspot.com/2007/07/emacs.html

AVG Free EditionのメールスキャナとThunderbird

2008-03-25T12:06:00.005+09:00

Thunderbirdで認証付きの受信をしようとしたところ, メールスキャナが有効になっている場合にうまく接続できなかった. よく見てみるとメールスキャナのプラグインがOutlookになっていてそれ以外設定できない. プラグインのプロパティもアクティブでなく, 押せない. もう一度, インストーラをダウンロードして, メールスキャナの設定を手動で行い, プラグインとしてパーソナルメールスキャナを選択し, 再びコントロールセンタからプラグインをパーソナルメールスキャナに変更するとうまく動作するようになった. サーバの追加なども設定できる. デフォルトがOutlookであり、かつそれのみになっているようで腹立たしい.

Windows Vistaで休止状態(ハイバネート)

2008-03-13T16:43:00.001+09:00

Windows Vista Buisinessでデフォルトでは休止状態がなかったので、使えるようにする方法.

コマンドプロンプトのショートカットを右クリックで「管理者として実行」する. > powercfg /hibernate on http://support.microsoft.com/kb/929658/ja

Emacsの超基礎その8 正規表現による検索・置換

2008-03-04T16:59:00.005+09:00

Emacs上で正規表現を使って検索や置換を行いたい. 正規表現を用いた検索は\C-u \C-sでできる. 置換の場合はM-x replace-regexpで可能. http://www.bookshelf.jp/texi/emacs-20.6-man-jp/emacs_13.html 正規表現を用いた検索では, 行頭を検索するときなどに便利. ^fooなどとすれば, 行頭マッチになる. 正規表現での置換を使って, 改行をすべて消すことを試みたがうまくいかなかった. まあ, こういう目的ならばPerlで一行.

$ perl -p -i.bak -e 's/\n//g' filename

改行コードが色々あったりすると面倒だけれど.

Adobe Reader 8のショートカットキー色々

2008-01-22T14:45:00.000+09:00

PDFを読みながら重要な部分をピックアップしていく作業を進めるうちに、キーボードショートカットがあったら便利だなと思い始めた。調べるとAdobe Reader 8では標準ではショートカットの機能が切になっている。単一のショートカットキーを有効にするには標準設定からチェックをする必要がある。そうすれば以下のように一文字入力でカーソルのモードを切り替えられる。

手のひらツールはH。一時的に手のひらツールを選択はスペースバー。選択ツールはV。スナップショットツールはG。マーキーズームツールはZ。 http://help.adobe.com/ja_JP/Reader/8.0/help.html?content=WS58a04a822e3e50102bd615109794195ff-7aec.html

スペースが便利です。テキストの矩形選択はAltを押しながらテキスト選択でできます。二段組の文書ではこれが便利です。そんな中、より軽量・高速なPDFビュアーとしてFoxitReaderを勧められたので試すことにしました。上記のキーボードショットカットが有効でないのが残念ですが、なかなか良さそうです。以下のサイトからFoxitReaderとEastern Asian Language Supportをダウンロードしてください。fpdfcjk.binを同じフォルダにいれて起動してメニューから言語を日本語にしてください。 http://www.foxitsoftware.com/downloads/index.html

Firefoxのちょっとしたショートカット

2008-01-22T12:36:00.000+09:00

ロケーションバーの選択。Ctrl+LまたはAlt+D 検索バーの選択。Ctrl+K 戻る。BackspaceまたはAlt+← 進む。Shift+BackspaceまたはAlt+→ 検索エンジンの切り替え。Ctrl+↓(次へ)、+↑(前へ) http://www.itmedia.co.jp/bizid/articles/0801/21/news099.html

すごく基本的なショートカットですが。ロケーションバーや検索バーの選択は便利だな。

MS-IME関連のショートカット

2008-01-10T14:49:00.000+09:00

MS-IMEの変換に関して便利なショートカットがあるのでメモしておく. 調べると以下のエントリによくまとまっていた. http://mtamaki.cocolog-nifty.com/blog/2005/03/msimetipsf10_ecc3.html F10で日本語入力中に直接入力(半角英数)に変換してくれる. これは便利. また, 一度Shift+アルファベットで英数モードとなった場合, 続けてShiftキーを空打ちすると再び日本語入力に戻る. 最後に日本語入力中にCtr+Spaceで半角スペース挿入.

UNIXコマンドでアーカイブライブラリを作成

2007-12-28T14:32:00.000+09:00

よくあるlibほにゃらら.aというアーカイブライブラリの作成の仕方. gccないしg++で考えれば, オブジェクトファイルを複数まとめて使いまわせるようにできる. 操作はアーカイブファイルにオブジェクトファイルを追加したり, 削除したりする. コマンドはar.

ar t アーカイブライブラリ名で, ライブラリが含むオブジェクトファイルをリスト表示. ar r アーカイブ名オブジェクト名のリストで, ライブラリにオブジェクトファイルを追加, 置換する. ar c アーカイブ名で, アーカイブを作成する. ar d アーカイブ名オブジェクト名のリストで, ライブラリからオブジェクトを削除する. http://unixhelp.ed.ac.uk/CGI/man-cgi?ar

もっと詳しく中身をみたいときはnm アーカイブ名, とすることでアーカイブの含むオブジェクトファイルに記述されている関数のリストを見ることができる.

C++で可変引数リストを使う

2007-12-28T14:30:00.000+09:00

Pythonでは良くやっていたが, C++でも可変な引数リストを使うことができる. 詳細は面倒なので省くが, 関数の宣言では単に引数リストの最後の引数を...にすれば良い. 呼出しかたなどは以下のサイトを参考のこと. http://www.alab.t.u-tokyo.ac.jp/~bond/doc/VariableList.html

Makefileで暗黙のルール

2007-12-28T14:26:00.000+09:00

勘違いをしていて困ったので. Makefileでmakeする際, C言語ないしC++のコードには拡張子から判断して自動的にgcc, g++がわりふられる. その際のフラグを指定する変数名がC言語とC++ではことなるので注意. C言語ではCFLAGS, C++ではCPPFLAGSとなるのでコンパイラを置き換えるときにはこちらも修正, 追加しなければならない. http://d.hatena.ne.jp/snsn9pan/20070830/1188488879

gxx_personality_v0

2007-12-27T19:48:00.000+09:00

C++のコードをGCCでコンパイルしたところgxx_personality_v0のリンカのエラーが出た. ソース自体はC言語で書かれていたので, なぜかわからなかったのだが, 拡張子を.cppから.cに直したところ通った. よくわからないが, 一応メモしておく.

UNIXコマンドで追加書き込み

2007-12-20T16:19:00.000+09:00

こんなことも知らなかったのか, と愕然としたのでメモ.

>で新規書き込み >>で追加書き込み http://www.searchai.jp/unix/unix.php

Pythonで切り捨て除算

2007-12-20T15:06:00.000+09:00

丸め方を調べていて, 切り捨て除算なるものを発見した. 実際に整数型で丸めるのであれば割ってから単純にキャストしても良いのだが, この切り捨て除算を用いた場合はあくまでも実数型で帰ってくる. 計算速度的にも速いのだろうか. だとしたらキャストする場合でもこれを用いた方が良いのかな.

>>> print 10.0 / 3 3.333333 >>> print 10.0 // 3 3.0 http://d.hatena.ne.jp/mowamowa/20070830/1188484371

壊れているため、表示できませんでした

2007-12-19T17:11:00.000+09:00

http://fukaz55.vox.com/library/post/todays-bugfixfirefoxie%E3%81%A7%E5%A3%8A%E3%82%8C%E3%81%A6%E3%81%84%E3%82%8B%E3%81%9F%E3%82%81%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%A7%E3%81%8D%E3%81%BE%E3%81%9B%E3%82%93%E3%81%A7%E3%81%97%E3%81%9F%E3%81%A8%E5%87%BA%E3%82%8Bjpe.html 僕の場合はpngであったがまったく同じ現象が起きた. 確かにOpera(Windows XP), Safari(Mac OSX)では正しく閲覧できる. 解決法はファイルを作り直すしかないのかな.

Windows XPでホスト名解決

2007-12-19T17:05:00.000+09:00

ローカルIPアドレスにMacのホスト名を設定した. Windows XPでのホスト名の設定は単純で, %SystemRoot%\System32\drivers\etc\hostsにある. これをメモ帳などで編集して追加すれば良い. (%SystemRoot%はC:\WINDOWS) http://ja.wikipedia.org/wiki/hostsファイルこれでもうまくいかず悩んだが, プロキシがローカルアドレスでないと判断していたためだったらしく, プロキシから除外するように設定したところうまくいった.

Wordのインデントとぶら下げ

2007-12-10T16:11:00.000+09:00

ぶら下げ, と呼ぶことをはじめて知った. http://mail2.nara-edu.ac.jp/~asait/windows/word/word.htm

PythonでのNew-style Classesとメタクラス

2007-12-04T19:46:00.001+09:00

いま勉強中のトピック. http://www.python.org/doc/newstyle.html http://www-06.ibm.com/jp/developerworks/linux/030425/j_l-pymeta.html

Pythonでの菱形継承問題

2007-12-04T19:04:00.000+09:00

Python では、新たな形式のクラス群を導入してこれに対処している。全てのクラスは共通の基底クラス object から派生している。Python は左優先・深さ優先のクラスのリストを生成する（上述の例の場合、D, B, A, C, A）。そして、同じクラスが複数回出現するときは最後に出現する箇所を除いて他を削除する（従って、上述の場合、D, B, C, A となる）。 http://ja.wikipedia.org/wiki/菱形継承問題

というわけなので継承の順番にも注意が必要.

Pythonでif文つきのリスト内包表記

2007-12-04T17:25:00.000+09:00

Pythonでリストの内包表記をif文チェックつきで行う例. 速いのかどうかはよくわからん.

>> a = [0, 1, 2, 3, 4] >> [i for i in a] [0, 1, 2, 3, 4] >> [i for i in a if i % 2 == 0] [0, 2, 4]

空のファイルを作成するUnixコマンド

2007-11-27T17:56:00.000+09:00

中身が空のテキストファイルを作成するときは以下のようにすれば良い.

$ echo > hoge.txt

こんなことが必要になる一般的な状況はあまり思いつかないが, ちょうど先ほど必要になったので.

前のページへ戻る

2007-11-16T14:08:00.000+09:00

JavaScriptを使って, 前のページへ戻るリンクを作成する方法.

<a href="javascript:window.history.back();">前のページへ戻ります</a> http://www5e.biglobe.ne.jp/~access_r/hp/javascript/js_054.html

PukiWikiでアップロードファイルの容量制限を変更する

2007-11-16T11:21:00.000+09:00

下記のサイトを参考にした. 僕の場合は自作のプラグインでの場合なので, 修正すべきは3ヶ所だった. plugin内で,

// max file size for upload on PHP(PHP default 2MB) ini_set("upload_max_filesize","2M");

を変更し, さらにPHP側の設定としてphp.ini(C:\Windowsにあると思われる)から2つを変更する.

; Maximum allowed size for uploaded files. upload_max_filesize = 2M ; Maximum size of POST data that PHP will accept. post_max_size = 8M

必要であればさらにmemory_limitも増やす. ここで重要なことは

memory_limit>post_max_size>upload_max_filesize

となるように設定すること. http://www.kharakawa.com/kh.log/archives/2005/08/pukiwiki.html

未来はここにある。まだ、普及していないだけだ。

2007-11-16T11:19:00.000+09:00

The future is already here - it is just unevenly distributed. William Gibson http://en.wikiquote.org/wiki/William_Gibson

PukiWikiの見出しをh5まで対応させる

2007-11-15T16:12:00.000+09:00

http://pukiwiki.sourceforge.jp/?質問箱3/279

Weak Reference 弱参照

2007-11-14T16:16:00.001+09:00

http://www.python.jp/doc/2.4/lib/module-weakref.html

LeopardアップグレードインストールとWindowsとのファイル共有

2007-11-13T17:40:00.000+09:00

以前, Leopardアップグレードに伴ってWebの共有設定が変更になってしまったことを書いたが, 今更ながらWindowsとのファイル共有の設定もリセットされてしまっていることに気がついた. これまでは設定の共有からWindows ファイル共有のチェックを入れれば良かったのが, 消えている. ちょっと調べた結果, 共有するユーザとフォルダを選択してオプション, SMBのチェックを入れると直った.

Synergyを使うその2

2007-11-12T14:54:00.000+09:00

あるときからWindows XP間のSynergyがうまく動かなくなり, 困った. コンソールからのpingはちゃんと通る. 調べるといつの間にかWindows XPのファイアウォールが働いていたらしい. http://lab.urume.net/2006,0628,482.html コントロールパネルのWindows ファイアウォールから例外タブで, 新たに「その他のポート」などとしてTCPで24800(Synergyのデフォルト値の場合)を開放してやれば良い. いつの間にWindowsファイアウォールが蘇ったのだろうか.

Windows XPでApache2.2にPHP5を入れる

2007-11-09T13:17:00.000+09:00

以下のサイトを参考にした. http://www.goodpic.com/mt/archives/000577.html DLLがphp5apache2.dllではなく, php5apache2_2.dllである以外はこのままでうまくいった. インストーラではなくてzipからマニュアルで入れるというところがミソのようだ.

MATLABの配列演算子

2007-11-08T19:49:00.000+09:00

通常の演算子の前に.(ドット)を付与する.

配列の乗算 .* 配列のベキ乗 .^ 配列の左除算 .\ 配列の右除算 ./ http://www.slis.tsukuba.ac.jp/~hasegawa/MATLAB/numerics.html

Bloggerで最近のコメントその2

2007-11-07T19:19:00.001+09:00

そんなにコメントつかないから, これで困らないが, こんな方法もあるらしい. http://360-to-issho.blogspot.com/2007/08/blogger10.html

template typedefとメタファンクション

2007-11-06T21:27:00.000+09:00

http://d.hatena.ne.jp/uskz/20071028/p1

LeopardアップグレードインストールとWeb共有

2007-11-06T18:14:00.000+09:00

Leopardにアップデートしたらみえていたサイトが見えなくなった, と聞いて確認したところ, みえなくなったのではなく, そのサイトのホスト側でWeb共有がおかしくなっていたのだとわかった. まず, Web共有がオフになってしまっていたので, これをオンにする. しかし, Permission deniedで403 Forbidden. いろいろ調べていて以下のサイトにどんぴしゃなことが書かれていた. http://earlybirds.ddo.jp/namahage/inegalog/forum/topic.php?tid=73&p=0 ようするにApacheのバージョンがあがったので, それにともなってファイルを設定しなおす必要があったらしい. /etc/httpd/usersから/etc/apache2/usersへconfファイルをコピーする. はじめ, やたらめったら移動すると, おかしなことになったので必要なユーザのconfのみをコピーするとhtmlファイルが見えるようになった. 続いて, PHPが実行されない問題があったので, /etc/apache2/httpd.confを確認するとPHPのモジュールがコメントアウトされていたので修正した. これで大丈夫そう.

Bloggerで最近のコメント

2007-11-05T13:31:00.000+09:00

Bloggerには最近のコメントがページ要素に無かったので, コメントに気がつかなかったのだが(まあほとんど無いが), 少し調べると代替策があった. 単純にBloggerのコメントはFeedとして公開されているのでそれを用いれば良い. Feed URLはこのページの場合, http://bettamodoki.blogspot.com/feeds/comments/summaryとなる. bettamodokiの部分を自分のものに書き換えれば良い. あとはこのFeedをFeed Elementとして追加してやる. http://at-aka.blogspot.com/2006/09/blogger-beta_4302.html

Ubuntuのゴミ箱についてその2

2007-11-05T13:19:00.000+09:00

revさんから, Ubuntuでもゴミ箱に同名ファイルを移動した場合に, ちゃんとrenameしてくれますよ, と報告いただいたので確認してみた. ありがとうございました. 確かにnautilus(GNOME?)でファイルを右クリックで選択し, ゴミ箱へ移動するを選択すると, 既に同名のファイルがあった場合に, foo (コピー).txtのように名前を変えてくれる. なるほどこれで良いのか. 一方で, ドラックドロップで, ツールバー上のゴミ箱アイコンへドラッグドロップした場合には, 単なる移動(つまりはmvコマンド)になるようで上書きされてしまう. ゴミ箱も.Trashというディレクトリに過ぎないので, 当然の結果なのかもしれない.

Makefileの書き方その1

2007-11-02T13:36:00.000+09:00

複数のファイルを特定の規則でまとめて変換したいとき, 一般的にはプログラムをコンパイル(ビルド)するような場合, Makefileはとても便利だ. 依存関係とファイル生成のためのコマンドをリストしておくだけで, ソースを更新したときに自動的に必要なものだけビルドしなおしてくれる. ここでは大規模なプロジェクトではなく, 個人的にちょっと手間を省くためのMakefileについてメモしておく. http://www.jsk.t.u-tokyo.ac.jp/~k-okada/makefile/ http://www.c.csce.kyushu-u.ac.jp/~seiichirou/wiki/index.php?Makefileの書き方

Excelセル関数 n行おきに抽出したい

2007-10-31T17:05:00.001+09:00

面倒なマクロを組まずに, セルの抽出を行いたい. 具体的にはA列にデータが入っていて, それをB列に10行おきに表示させたい. すなわち, B列にはB1=A1, B2=A11, B3=A12のようになる. まず, 自分のセルの行と列はROW(), COLUMN()で数値として得られる. これをセルのアドレスをあらわす文字列に変換するにはADDRESS(行番号, 列番号)を用いる. さらにアドレス文字列から, その内容を得るにはINDIRECT(文字列)を用いれば良い. これらを組み合わせると,

=INDIRECT(ADDRESS((ROW()-1)*10+1,1)) かもしくは =INDIRECT("A"&((ROW()-1)*10+1))

となる. 上の式だと最後の1がA列から抽出することを表す. 結果として使えるセル関数のてんこ盛りだったのでここにメモしておく.

予定 Effective uBLAS

2007-10-30T20:57:00.000+09:00

http://www.crystalclearsoftware.com/cgi-bin/boost_wiki/wiki.pl?Effective_UBLAS

kernel-debugはlinux-image-debug

2007-10-30T19:25:00.000+09:00

Ubuntuで/vmlinuzしかなく, 展開する方法がよくわからなかったので, vmlinuxを含んだパッケージを探した. rpmではたしかkernel-debugなどだったのでkernel-*でパッケージを検索していたがかからず, 悩んでいたが, Ubuntu(Debian?)ではlinux-image-*であるらしい.

VMWareでoprofileがプロファイルをとれない

2007-10-30T19:23:00.000+09:00

VMware OProfile can't work with VMware when using performance counter interface. A workaround is to use RTC mode (2.4 kernel) or timer interrupt mode (2.6 kernel) http://oprofile.sourceforge.net/faq/

いまのところまだうまくいっていない.

自作PC初歩 32bit PCIスロット

2007-10-29T14:04:00.000+09:00

パソコンの自作に関しては, ど素人もいいところなのだが, 最近デスクトップが一台手に入ったので少しやりはじめた. そして早速無知ぶりを発揮. 買ってきたボードがPCIスロットにささらない. そもそも溝があってない. 調べてみると同じ32bit PCIスロットでも5Vのものと3.3Vのものがあるらしい. 僕のPCには3.3V用のスロットしかなく, 買ってきた2枚のボードのうち, 1枚は5Vのものだった(もう一枚はユニバーサルで3.3Vでも5Vでも使える). 最近は5V主流という話もあるらしいがどうなんでしょうか. http://www.atmarkit.co.jp/fsys/slotsocket/03expbus/expbus.html

uBLASのcompressed_matrixをresize

2007-10-26T15:05:00.000+09:00

なんだかublasではまった日誌と化してきたが. でも大したことでなくてもここに記すことでだれかの手間は省けるかもしれない.

Assertion failed in file /usr/include/boost/numeric/ublas/matrix_sparse.hpp at line 2679: !preserve

compressed_matrixをresizeしようとすると, 実行時にアサーションで落ちる. matrix_sparse.hppでその箇所をみると,

// FIXME preserve unimplemented

おいおいw m.resize( m, n, false )とすれば良いのだと思う. ただし, 行列の中身はresizeに伴って書き換わる.

std::complexのcompressed_matrixでuBLASのlu_factorizeを使う

2007-10-26T14:46:00.000+09:00

uBLASを使って複素数の線形方程式を解きたいとき, 通常のmatrixなら問題ないのにcompressed_matrixでlu_factorizeしようとするとエラーが出てコンパイルできない.

/usr/include/boost/numeric/ublas/lu.hpp:146: error: no match for 'operator/' in ...

原因がよくわからなかったのだが, uBLASのメーリングリストが検索でかかった.

BTW, I've solved my compile problem by changing the LINE 147 of lu.cpp from project (mci, range (i + 1, size1)) *= value_type (1) / m (i, i); to project (mci, range (i + 1, size1)) *= value_type (1); project (mci, range (i + 1, size1)) /= m (i, i); http://lists.boost.org/MailArchives/ublas/2007/09/2302.php

現在のsubversionのrepositoryをみると, 以下のようになっているのだがどうなんでしょうかね.

value_type m_inv = value_type (1) / m (i, i); project (mci, range (i + 1, size1)) *= m_inv;

とりあえず, 前述のメーリングリストの方法でうまくいったので, そのように直して使っています.

ublasのpermutation_matrixについて

2007-10-26T13:41:00.000+09:00

ublasでLU分解を行う際に使用するpermutation_matrixについてはまったのでメモしておく. permutation_matrixはlu_factorize, lu_substituteと同様にlu.hppに含まれる. 問題はlu_factorize(m, pm)を行った際に, 行列mがsingularでないのにアサーション(BOOST_UBLAS_CHECK (pm (i) == i_norm_inf, external_logic ());でひっかかる)がでるということだった. 色々と見ていくと, permutation_matrixを初期化していた以下の行が悪いということがわかった.

pm.clear() pm.resize( m.size1() )

いたって問題ないようだが, 正しくは,

pm.clear() pm = permutation_matrix< M::size_type >( m.size1() )

とする必要がある. lu.hppを覗いてみると, permutation_matrixの実態は基本的にただのvectorで, 異なる点はそのコンストラクタで全てのiについて(*this)( i ) = iとしていることだとわかった. 要するに0でなくて, 入れ替えのないindexの並びで初期化しなければならない. permutation_matrixの意味を考えればあたりまえのことであるが.

C++のアサーション

2007-10-25T16:54:00.000+09:00

大抵の場合なぐさめにもならないのだろうが, アサーションが出て強制終了してしまう場合で, かつそれを無視したいときは-DNDEBUGオプションを付けてコンパイルすれば良いらしい. http://radiofly.to/nishi/programming/solidcode.html

nautilusについて

2007-10-23T14:21:00.000+09:00

Ubuntu(というかGNOME?)のファイルブラウザであるnautilusについて. nautilusで開いているディレクトリでターミナルを開く方法については, nautilus-open-terminalというパッケージを入れれば右クリックで可能になると昔調べた. 他方, 逆にターミナルからそのディレクトリのnautilusを開くコマンドを調べてみた. 調べると非常に簡単で, nautilusは引数としてURIを受け取るので, 以下のようにすればよい.

> nautilus .

たいしたこと無いが, 地味に知らなかったので.

BoostのUMFPACKバインディングその2

2007-10-22T14:17:00.000+09:00

まずはBoostというかuBLASでの疎行列(sparse matrix)の取扱いに関する基礎として, compressed_matrixについて. http://www.boost.org/libs/numeric/ublas/doc/matrix_sparse.htm compressed_matrixは単にそのまま使うと, LU分解などのアルゴリズムの最適化を示唆するというよりは, メモリを節約するという意味を持っている. 型名の定義は5つから成る. かならず必要となるのは最初のひとつで, 行列の含む変数型を指定する. 大抵はdoubleか. おそらくはstd::complexもいける(まだ試していない). 残りの型は圧縮するときに必要となる設定で, 整列させる方向や最終的に格納される型(unbounded_arrayやstd::vector, あとはbounded_array)などが選べる.

BoostのUMFPACKバインディングその1

2007-10-22T13:53:00.001+09:00

boost-sandboxに含まれるUMFPACKバインディング(boost/numeric/bindings/umfpack)に関する情報がうまく収集できずに苦労したので, ここにまとめておく. 結論から書くと, boost-sandboxのレポジトリにドキュメントが含まれていたが, 変なところにあったので見つけられなかった. 場所としてはboost-sandbox/libs/numeric/bindings/umfpack/doc/index.html(includeではなくlibs)で, 下記URLのdownloadから参照できるはず. http://boost-sandbox.cvs.sourceforge.net/boost-sandbox/boost-sandbox/libs/numeric/bindings/umfpack/doc/index.html 使う際にはsandboxのヘッダinclude/boost/numeric/bindings以下を/usr/local/includeにでも放りこんでやれば良い. cvsが嫌な人は, http://svn.boost.org/svn/boost/sandboxからsvnでもチェックアウトできる(svnはcommitが不可である模様). ただし, 僕が試したときはどちらもHTTPプロキシが許可されなかった. (追記. boostのレポジトリが正式にsubversionに移るようだ.) (追記2. http://subversion.tigris.org/faq.html#proxyに従って, https://svn.boost.org/からチェックアウトしたところうまく行った.) http://svn.boost.org/trac/boost/ 加えてもちろん, UMFPACK本体が必要なのだが, Ubuntu(7.04現時点)ではパッケージが用意されているのでそれを使えば良い. 具体的にはlibumfpack4, libumfpack4-devを入れれば良い. はじめ, scipyを入れたときにlibufsparseが自動的に含まれるのでlibufsparse-devを追加して試みたが, リンクか何かの問題で動かなかったため, libumfpack4に変更した. おそらく以下に報告されている問題だと思われるが詳細は不明. https://bugs.launchpad.net/debian/+source/ufsparse/+bug/68670 動作確認にはまず, UMFPACK本体の確認として, umfpack-simple.c(例えば, http://www.math.umbc.edu/~rouben/2006-01-math625/umfpack-simple.cか, UMFPACKのソースをダウンロードすれば含まれている)を用いて, これがうまく動作すれば, 先ほどのboost-sandbox内のドキュメントに含まれるサンプルコードを試してみると良いだろう. ちなみに後者がg++であるのに対して, 前者はgccであることに注意. g++でumfpack.hを用いるにはexternが必要. http://ubuntuforums.org/archive/index.php/t-360888.html ひとまずはここまで.

BoostのuBLASのサンプルを動かしてみた

2007-10-19T19:26:00.000+09:00

BoostのuBLASを使ってみようと思い, 以下のサンプルを動かそうとしたところ, コンパイルが通らなかった. http://www.page.sannet.ne.jp/d_takahashi/boost/ublas/index.html#SEC15 ググると以下のスレッドと全く同一の問題であった. ヘッダをひとつ追加すれば解決. ちなみに行列とベクタの扱いも角括弧bracketでなく丸括弧.

We should add #include <boost/numeric/ublas/vector_proxy.hpp> http://lists.boost.org/MailArchives/ublas/2005/08/0660.php

Reducing fill-in

2007-10-19T16:43:00.000+09:00

A list of algorithms.

Minimum degree (Tinny and Walker, 1967) Multiple minimum degree (Liu, 1985) Approximate minimum degree (Amestoy, et. al., 1996) Nested dissection (George, 1973) Multilevel nested dissection routine (Karypis and Kumar, 1998) Multisection (Ashcraft and Liu, 1998) Local minimum fill (Tinney and Walker, 1967) http://www.cc.kyushu-u.ac.jp/scp/system/library/WSMP/manual/WSMP-QNA.pdf

A suite of sparse matrix packages. http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/

UMFPACK is a set of routines for solving unsymmetric sparse linear systems, Ax=b, using the Unsymmetric MultiFrontal method. http://www.cise.ufl.edu/research/sparse/umfpack/

http://en.wikipedia.org/wiki/Sparse_matrix#Reducing_fill-in

subversionが壊れた

2007-10-19T15:08:00.000+09:00

チェックサムエラーやらなんやらでsubversionが使えなくなったので修復を試みた. いろいろとみんな苦労されているようだ. 僕の場合を書いておくと, わりと幸運な方だったようで, svnadmin recoveryやらsvnadmin verifyだのをやってから, 一度チェックアウトし直して, 変更を再度マージしなおしたらOKであった.

Emacsの超基礎その7 コメントアウト

2007-10-18T18:29:00.000+09:00

プログラムを書いているときに選択した範囲をコメントアウトしたい場合のショートカットキーについて. 発端はFedoraのpython-modeでM-x py-comment-region(\C-c#)が使えなくなったという話を聞いていくつか調べたことだったが, コメントアウトするのにもっと一般的な方法があったようだ.

python-modeでM-x py-comment-regionまたは\C-c#で領域をコメントアウト. python-modeで\C-u\C-c#で領域をコメントアウトから戻す. M-x comment-regionも領域をコメントアウト. PythonでもC++でも使えた. M-x uncomment-regionも領域をコメントアウトから戻す.

とりあえず, M-x comment-regionをキーバインドしておけば良いのかな. 手前味噌だが, キーバインドについては以下の通り. http://bettamodoki.blogspot.com/2007/10/emacs-6.html

Emacsの超基礎その6 キーバインドの設定

2007-10-18T17:48:00.000+09:00

Emacs Lispで独自のキーバインドを.emacs.elに設定したいときの方法. global-set-key関数を使う.

(global-set-key "\C-cg" 'goto-line)

\C-はCtrを押しながら, \M-はMetaキー(Esc)を押しながらの意味. スペースは空けちゃ駄目. 慣習としてユーザにはCtr-C 英数字があけてあるのでそれを使うと良いようだ. http://www.bookshelf.jp/soft/meadow_12.html#SEC89 http://www.sodan.ecc.u-tokyo.ac.jp/2001/article/tips/tips12.shtml

Excelのショートカット

2007-10-18T15:38:00.000+09:00

ITmediaの記事から僕の使いそうなものをピックアップして, 簡潔にした. 1. Ctr+1でセルの書式設定. 2. 書式設定などちょっとした変更の繰り返しにはF4. 3. Ctr+Dで上のセルをコピー. Ctr+Rで左のセルをコピー. 4. Enterで下のセルへ移動. Tabでは左のセルへ移動. http://www.itmedia.co.jp/bizid/articles/0705/10/news127.html

イテレータはプリインクリメントで

2007-10-17T18:16:00.000+09:00

C++のIteratorではiter++(ポストインクリメント)ではなくて, ++iter(プリインクリメント)を使おうという話. C++だけれども++Cが速い. http://d.hatena.ne.jp/higepon/20061213/1166021035

ディスプレイが逆さま

2007-10-14T12:01:00.000+09:00

なぜか画面が上下反転して見えるようになってしまったという報告を受けて, 代わりにググったところ, Ctr+Alt+↑で直るらしいとわかった. 詳しく調べる予定なし.

WindowsにVMWareを入れてUbuntuを動かすまでの流れ

2007-10-12T12:02:00.000+09:00

0. UbuntuのインストールCDイメージ(isoファイル)をダウンロードする. http://www.ubuntulinux.jp/products/JA-Localized/download 1. VMWare PlayerとQEMUをダウンロードしてインストールする. http://www.vmware.com/download/player/ http://www1.interq.or.jp/~t-takeda/qemu/ 2. コマンドプロンプトでQEMUを使ってvmdkファイルを作成する. (仮想マシンのディスクに相当する)

> qemu-img.exe create -f vmdk ubuntu-ja-7.04-desktop-i386.vmdk 10G

3. テキストエディタでvmxファイルを作成する. (仮想マシンのハードウェアなどの設定ファイル) memsizeにメモリーサイズ(ホストのものより若干少なめにすること), ide0:0.fileNameに作成したvmdkファイル名, ide1:0.fileNameにインストールしたいCDのisoの絶対パスが正しいことを確認する.

config.version = "8" virtualHW.version = "4" memsize = "512" ide0:0.present = "TRUE" ide0:0.fileName = "ubuntu-ja-7.04-desktop-i386.vmdk" ide1:0.present = "TRUE" ide1:0.fileName = "C:\ubuntu-ja-7.04-desktop-i386.iso" ide1:0.deviceType = "cdrom-image" floppy0.present = "FALSE" ethernet0.present = "TRUE" ethernet0.connectionType = "nat" usb.present = "TRUE" sound.present = "TRUE" sound.virtualDev = "es1371" displayName = "ubuntu-ja-7.04-desktop-i386" guestOS = "ubuntu" nvram = "ubuntu-ja-7.04-desktop-i386.nvram" scsi0:0.redo = "" ethernet0.addressType = "generated" uuid.location = "56 4d 1b 44 cf 9a d1 f5-36 bd 99 c7 11 e4 2d 1e" uuid.bios = "56 4d 1b 44 cf 9a d1 f5-36 bd 99 c7 11 e4 2d 1e" ide1:0.autodetect = "TRUE" ethernet0.generatedAddress = "00:0c:29:e4:2d:1e" ethernet0.generatedAddressOffset = "0" checkpoint.vmState = "" tools.remindInstall = "TRUE" ide0:0.redo = "" usb.autoConnect.device0 = ""

4. vmxファイルをダブルクリックして, 立ち上がった仮想マシンで普通にOSインストール作業を進める. 5. vmxをテキストエディタで開き, ide1:0.fileName, ide1:0.deviceTypeの項を以下のように修正する.

ide1:0.fileName = "auto detect" ide1:0.deviceType = "cdrom-raw"

http://sarabande.info/wiki/Vmware:WindowsをホストにしてUbuntuをインストールする追記. isoイメージでなく, CDがすでにある場合ははじめからvmxを5にあるように設定してCDを入れて立ち上げれば同様にインストールできるはず.

boost::multi_arrayのiterator

2007-09-21T20:27:00.000+09:00

boost::multi_arrayでのiteratorの使い方がいまいち良くイメージできなかったので勘違いしてしまっていた. 下記の応答を読んで理解. http://article.gmane.org/gmane.comp.lib.boost.user/30196

Root finding algorithm

2007-09-21T20:06:00.000+09:00

かなりしっかりと記述されていて驚いた. 多項式の根に関してもちゃんと書いてある. http://en.wikipedia.org/wiki/Root-finding_algorithm

matrixmultiply() was deprecated in favor of dot()

2007-09-21T15:37:00.000+09:00

だいぶ前のことだけれど, 度々忘れるので. numpyではmatrixmultiply関数はdot関数に置き換えられましたのであしからず.

Gnuplotでグラフの縦横比

2007-09-20T11:16:00.000+09:00

Gnuplotでグラフの縦横比をたとえば1:1, すなわち正方形にしたいときは,

set size square

とすれば良い. また任意の比にしたいときは,

set size ratio 2

のようにする. 値はY軸長割るX軸長.

ユークリッドの互助法

2007-09-19T18:25:00.001+09:00

互「除」法の間違い. 英語では単にEuclidean algorithm.

Sturmの定理とSturm-Liouville問題

2007-09-19T17:32:00.000+09:00

多項式の根の存在確認のアルゴリズムを調べていてSturmの定理に行き当たったが, 同時にSturm-Liouville問題というのも見つけた. よくわからんが境界値問題のことらしい. http://next1.cc.it-hiroshima.ac.jp/MULTIMEDIA/diffpub/node67.html

トランキライザ

2007-09-19T16:34:00.000+09:00

トランキライザとは精神安定剤のこと. その作用の強さによってマイナーとメジャーの2種に分類されることが多いようだ. http://d.hatena.ne.jp/keyword/トランキライザー

Weierstrassの近似定理

2007-09-18T18:31:00.000+09:00

ワイエルシュトラスの名前を先日出したが, 別件で多項式近似について調べていたときに再びその名前に出会った.

関数fが区間[a,b]で連続ならば, どんなε＞0に対しても, |f(x)-P(x)|＜ε となる多項式P(x)が存在する. http://next1.cc.it-hiroshima.ac.jp/MULTIMEDIA/numeanal1/node12.html#2958

心強い定理だ(笑)

Ctr+Spaceで入力切り替え

2007-09-05T18:20:00.000+09:00

英語版のWindows XPを使っていて, 入力切り替えをキーボードで行う方法がわからなかったので, とりあえずCmdSpaceというソフトウェアで対応することにした. Ctr+Spaceだけでなく, Altなどにも変更できる. とりあえず, これで便利になった. http://www.tanaka.tc/archives/000014.html

連続だがいたるところ微分不可能な関数

2007-09-02T01:34:00.000+09:00

ボルツァーノの業績として挙げられていたことのひとつが, 連続だがいたるところ微分不可能な関数の存在であった. けれども, 具体的にどのようなものなのかが書かれていなかったのでちょっと調べてみた. この関数は再発見したワイエルシュトラスの名が冠されており, ワイエルシュトラス関数と呼ばれる. また高木貞治も同様な関数を挙げていて, 高木関数と呼ばれる. どちらもフラクタルな関数で, 関数の無限和としてあらわされるようだ (ここはまだあいまい). とはいえ今日は眠いので証明に関しては後日読むことにする.

ルートキット

2007-08-29T11:46:00.000+09:00

基本的にはトロイの木馬のようなものらしい. ユーザの同意なしに隠蔽してインストールされたファイル(rootkitプログラム)を利用して, 一時的に与えられた権限を以降も保持し続けることを許す. そのようなソフトウェアを指す. http://ja.wikipedia.org/wiki/ルートキット

Windowsの自動ログイン

2007-08-28T19:27:00.000+09:00

正確なところはまだよくわかっていないのだが, パスワードが指定されていたり, 複数アカウントあったり, 管理者権限があったりしてもスタートアップ時に自動ログインする方法. 僕はむしろどうやったらこれを解除できるのか(以前の使用者がそう設定していたらしい)が知りたくて調べただけなので深くはわからない. http://wiki.ohgaki.net/index.php?Windows／自動ログイン http://arena.nikkeibp.co.jp/article/tec/winxp/20050615/112499/

Synergyを使う

2007-08-28T19:21:00.000+09:00

以前, Windows, Mac, Fedora CoreをSynergyを用いて統合するということをしたが, 今度はもっと単純に2題のWindows間をつないだ. これは前よりももっと簡単で同じLAN内でコンピュータ名でpingが通ればなんの困難も無い. http://www.simeji.com/synergy/running_ja.html http://synergy2.sourceforge.net/autostart.html

Country codeとArea code

2007-08-27T18:17:00.000+09:00

日本ではCountry codeが81, Area codeは市外局番から頭の0を抜いたもの. 東京だと81-3-********となる. http://question.excite.co.jp/qa3253803.html

Naja naja

2007-08-27T17:49:00.000+09:00

論文のタイトルにNaja najaと出てきて, なんのことかと思ったらインドコブラの学名らしい. http://ja.wikipedia.org/wiki/インドコブラ

Gnumeric感想

2007-08-24T16:55:00.000+09:00

3時間使ってみた感想. かなり良い. グラフもアンチエイリアスがかかってExcelよりも美しい. http://bettamodoki.blogspot.com/2007/08/gnumeric.html

もうGnumericでいいじゃないか

2007-08-24T14:10:00.000+09:00

Microsoft Officeを回避したいと思い続けてきた身としては, OpenOfficeを推奨していた. しかしどうにもMicrosoft Officeが手放せない. そのひとつの理由はOpenOffice Calcの機能の弱さだ. 以前にも書いたが, 棒グラフのエラーバーが描けないことや, 分析ツールが無いことがある. そこでGnumeric. OpenOfficeと違いスプレッドシートのみだが, エラーバーはもちろん, 分析ツールも使える. http://www.gnome.org/projects/gnumeric/ Gnomeベースで開発されているようだが, 今はWindowsにも対応している. ファイル互換性などは弱いという話だが, はじめからこれで作成するか, コピペすれば良い. Microsoft, OpenときてGNOMEです. Pythonなどでのスクリプティングにも対応, ということなのでこれはまた試してみよう.

Paramount pisses me off!

2007-08-22T12:14:00.000+09:00

"Paramount pisses me off!"はマイケル・ベイ監督の言. 「パラマウント, まじムカつく!」というような意味らしい. 覚えておこう. http://japanese.engadget.com/2007/08/21/no-tf2-from-pearl-harbor-director/

ベンフォードの法則

2007-08-21T19:45:00.001+09:00

http://www.rd.mmtr.or.jp/~bunryu/benford.shtml

アフォリズム

2007-08-21T18:14:00.000+09:00

なぜわざわざこんな言い方をするのでしょう.

金言. 警句. 箴言(シンゲン). http://d.hatena.ne.jp/keyword/アフォリズム

AVGでのプロキシの設定

2007-08-15T12:08:00.000+09:00

ちょっとわかりづらいところにある.

コントロールセンター, アップデートマネージャ, 設定から行う. http://www.geocities.jp/h_genjirou/AVG2/avg2.html

subversionメモその1

2007-08-13T14:51:00.000+09:00

いくつかsubversionのコマンドに関してのメモ. ファイル名の変更はmvなどで直接行わず, "svn move OLD NEW"で自動的にローカルのファイル名も変更される. コピーも同様で, "svn copy FILE1 FILE2"とする. 既にcommitしたログを修正したいときにはいくつか方法があるようだが, 僕はsvnadminでの変更手順に従った.

$ svnadmin setlog --bypass-hooks REPOSITORY_PATH -r 6 NEWLOG_TEXTFILE

このログの編集はログされないのであらかじめバックアップをとっておくと良い. 上のREPOSITORY_PATHはプロジェクト名を含まない. すなわち先日の例では, /media/disk/svnrootとなる. なぜかテキストファイルからログを修正すると最後に空改行が入って2行になってしまうがとりあえず放置. http://terai.xrea.jp/Subversion/SetLog.html

Excel VBAマクロ作成その1 開発環境

2007-08-13T13:24:00.000+09:00

Excelでマクロを作成するのにVBAについて学習してみた. 結論から言うと単純な関数を組むだけであればかなり学習コストは低い. とりあえず開発環境はツール, マクロ, Visual Basic Editorからたどりつける. Windows XP, Office 2002(2003)で開発したが, Mac OSXでのOfficeとは互換性がなかったらしい. http://www.officepro.jp/index.html http://www.eurus.dti.ne.jp/~yoneyama/Excel/vba/index.html

ほにゃロジー

2007-08-09T01:14:00.000+09:00

オントロジー。 http://ja.wikipedia.org/wiki/オントロジートートロジー。 http://ja.wikipedia.org/wiki/トートロジーほにゃロジー。 http://en.wikipedia.org/wiki/-logy http://ja.wikipedia.org/wiki/-logy フォークソノミー。 http://ja.wikipedia.org/wiki/フォークソノミー

subversionで同期とバックアップ

2007-08-07T12:10:00.001+09:00

いくつかのPCを行き来して開発をちょこちょこ行っているのでソースが分散してしまった. これを改善するためにUSBメモリで同期させることにした. まずは単純に丸ごとコピーする方法だが, 面倒だし, 時間がかかる. そこでrsyncの導入を考えた. しかし, まだ試行錯誤の段階なのでやっぱり前のバージョンに戻したいということがよくある. そこでいっそのことsubversionでバージョン管理もやってしまおうと考えた.

$ svnadmin create /media/disk/svnroot $ svn import test file:///media/disk/svnroot/test -m "初めてのインポート"

で準備が整う. testディレクトリにはあらかじめbranches, tags, trunkの3つの空ディレクトリを用意しておいた. 準備できたらこのtestを一度消して, チェックアウトし直す.

$ svn co file:///media/disk/svnroot/test/trunk test

あとはaddでもcommitでも好きにすれば良いじゃないか. http://www.thinkit.co.jp/free/article/0611/2/2/

HepG2, concomitant, heterogeneity

2007-08-06T20:00:00.000+09:00

HepG2とはHuman hepatocellular liver carcinoma cell lineのことでヒト肝ガン由来細胞株. concomitantは「随伴性の, 同時の, 併用の」といった意味. heterogeneity(Heterogeneous)とは「異質性」を意味する言葉であるが, もう少しつっこんだ話はまた後で調べる. http://en.wikipedia.org/wiki/Heterogeneous

タデウシュ・ライヒスタイン

2007-08-06T19:45:00.000+09:00

1950年にエドワード・カルビン・ケンダル, フィリップ・ショウォルター・ヘンチと共にノーベル生理学・医学賞を受賞した. ノーベル賞は副腎皮質ホルモンからコルチゾンを単離する研究に与えられたもので, またビタミンCの合成に成功した. http://ja.wikipedia.org/wiki/タデウシュ・ライヒスタイン副腎皮質から分泌されるホルモンは2種類あり, 「糖質コルチコイド(コルチゾン)」と「電解質コルチコイド(アルドステロン)」とに分けられる. 副腎皮質ホルモンはステロイドホルモンの1種で, 大きく分けて2つの作用を持つ.

血糖上昇. 肝臓での糖新生を促進し, 抹消ではタンパク質合成を抑制, 分解を促し, 糖新生の材料として用いる. 抗炎症・アレルギー作用

この2つがどのような関連性を持つのかはまだ調べている途中. 誰か教えて. http://hobab.fc2web.com/sub4-Steroid.htm http://physiology1.org/doc/chapter.php?Id=416

BioPython

2007-08-02T01:28:00.000+09:00

BioPerlを使って必要なものは作ったが, 僕にはPythonの方が慣れているのでBioPythonへ移植することも考えてみようかと思う. チュートリアル(http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html)を読んだ感じではいま利用している限りのことは問題なく扱えるようだし. もちろん仕事の優先順位としては低いが. http://biopython.org/wiki/Main_Page

Mac OSXでCPANを使う

2007-07-31T17:29:00.000+09:00

CPANにはLinuxのときから苦い思い出があるのだが, Mac OSXにも入れる羽目になった. http://pools.jp/2007/07/20/osx-lynx-install/ 基本的には上のページに書いてあるとおり. lynx(http://www.apple.com/downloads/macosx/unix_open_source/lynxtextwebbrowser.html), NcFTP Client(http://www.ncftpd.com/download/), gpg(http://macgpg.sourceforge.net/)をインストールしてやれば良い. lynx以外は無くても動くかもしれない. なんだか環境によってはミラーサーバを探すときに停止したように見えるが, ちょっとほっとけばちゃんと通る. lynxもなぜかダウンロードしはじめるまでに時間がかかったが, ちょっとほっとけばちゃんと落ちてくる. せっかちは良くないね.

ビタミンD

2007-07-30T18:38:00.001+09:00

血清中カルシウム濃度の低下の原因のひとつとして, ビタミンD欠乏症が挙げられていた. ビタミンDとはどのような役割なのだろうか? ヒトにとって特に重要なものはビタミンD3(Cholecalciferol)と呼ばれる. 骨代謝のどこかに関わっているのかと思い, KEGGで検索してみたところ, ステロイド代謝の下流にある. http://www.kegg.jp/dbget-bin/show_pathway?map00100+C05443 これでは機能がわからない. というかビタミンなのに合成できてるし! Wikipediaで調べたところ, ビタミンだけれどコレステロールから合成でき, ホルモン様な機能を持つらしい. 皮膚からの合成か, 直接の吸収によって得た後, 肝臓経由で血行に乗る. http://en.wikipedia.org/wiki/Vitamin_D

イライラの原因のひとつに、カルシウム不足があります

2007-07-30T18:11:00.000+09:00

以前, カルシウム不足がなぜイライラの原因になるのかという議論になった. そもそも本当にカルシウムが足りないとイライラするのか. 女性が歳をとると骨粗しょう症などカルシウム不足の症状が出ると聞くが, では歳をとった女性が皆イライラしているかというとそうとも思えない(もちろん, 歳を経た女性が皆カルシウム不足だとは限らないが). ざっとググって調べたところ僕として勝手に信憑性が高そうだなと判断したものを書いておく(孫引きだし, 嘘かもしんない).

血清中カルシウム濃度の低下は筋痙攣, 骨軟化症, 情緒不安定などを引き起こす. 血清中カルシウム濃度は骨からの代謝によって一定に保たれる.(ホメオステイシス) http://shinshu.fm/MHz/14.30/archives/0000085173.html

血中カルシウム濃度の低下はこのホメオステイシスに異常が生じた場合に起こる(この場合はおおよそ病である, と言えるが). 摂取するカルシウムの量をどの程度制限すれば血中のカルシウム濃度が低下するのかはまだ調べきれていないが, かなり極端な場合であろうと思う.

UbuntuでMaxima on TeXmacs

2007-07-30T16:38:00.000+09:00

Maximaについてはまたまとめたいと思うが, とりあえずUbuntuのapt-getからMaximaとTeXmacsをインストールしても実行するとPackage 'maxima' not declaredとなってしまう. 調べるとパスがbashシェルでないと通らないせいらしい.

/usr/lib/texmacs/TeXmacs/bin/maxima_detectの一行目を#!/bin/bashに変更すると直った. http://nazo-dyamu.ddo.jp/~shixnya/diary/?date=20070515#p01

grtz

2007-07-30T16:35:00.000+09:00

先ほど調べたTech系のスレで使われていた略語の意味がわからなかったので調べてみた.

grtz means greetz, or greatings. It means kind regards, but less official. I don't know if it is used in the UK or USA, but in Holland we use it quite often on MSN and other chatboxes. http://www.planetforum.nl/viewtopic.php?p=40449&highlight=&sid=96fc63b12abcea5bc7f1905283121bda

IgE

2007-07-26T11:59:00.000+09:00

抗体. 免疫グロブリンimmuno-globulin. ヒト免疫グロブリンとしてはIgGが量的にはメジャであり, IgEは極微量. ただしIgEはアレルギィに強く関与する. 出てくるたびに何の略だったか忘れるのでメモ. 多少ネタばれになるが, 島田荘司さんの「御手洗潔のメロディ」に「IgE」というタイトルの短篇が収録されている. http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%8A%97%E4%BD%93

Excelの改ページ

2007-07-26T11:54:00.000+09:00

Wordはもちろん, Excelにも改ぺージが存在する. 良くみるとラインの色が違うのでわかる. これを削除したり, 編集する方法. Wordでは直接Back Spaceで消せるが, Excelではそのままでは変更できない. メニューの「表示」から「改ページプレビュー」を選択すると改ページの設定を行えるようになる. 終わったら表示を「標準」に戻せばよいです. http://www.eurus.dti.ne.jp/~yoneyama/Excel/insatu.htm#kaipe-ji

StrategyとStateパターン

2007-07-25T19:40:00.001+09:00

GoFのデザインパターンでStrategyとStateは何が違うのかな?とふと思った. 構造自体は変わらない気がするのだが. ひとつには, 状態単位でカプセル化するのか, 戦略(関数)単位でカプセル化するのかが違うと言える. 切り口が違う.

HeLa細胞

2007-07-25T18:56:00.000+09:00

その信頼性が相変わらず議論を読んでいるが, 手っ取り早くWikipediaで勉強. HeLa細胞はヒトがん細胞のモデルとして樹立されたヒト由来の最初の細胞株である, ということでとりあえず良いようだ. HeLaは原患者の名前であるHenrietta Lacksから. 増殖率が非常に高く, 不死化しており, 培養が容易であったため, 培養細胞株として分離に成功したそうだ. 染色体数もdiverseしている. そもそもヒト由来ということだが, もはやなんだかわからん細胞になってしまっている気もするのだが. ひとつにはウイルス由来のE6, E7たんぱく質が, 細胞分裂を抑制するp53, Rbたんぱく質(Rbは網膜芽細胞腫retinoblastomaから)を抑制することでがん化が生じる. E6はp53をユビキチン化して分解, E7はRbと結合し, 転写因子への結合を抑制する量論的抑制を行う. 他にも読みものとして大変面白いことが書いてある. http://ja.wikipedia.org/wiki/HeLa%E7%B4%B0%E8%83%9E

skew その3 コンピュータ

2007-07-25T14:35:00.000+09:00

コンピュータの分野においてskew(歪み)と言った場合には一般にどのような使われ方をするのか. Wikipediaで調べてみた. まず通信の分野においては, 本来同じ内容の情報がどの程度異なって通信されたかをあらわす. 例えば並列通信において, 届くまでに経過するラグタイムの差を意味し, また多チャンネルの磁気テープにおける情報の差分を意味する. 一方でコンピュータ関連で面白い記述だったのは, ディスクにおける2つのトラック開始点の為す角度という使われ方をするということだった.

In reference to computer disk drives, track-to-track skew is the angle between the start of the data on a given track and the start of the data on the next. http://en.wikipedia.org/wiki/Skew

この角度はディスクの回転に直結し, すなわち効率を変化させる.

skew その2 配列解析

2007-07-25T14:21:00.000+09:00

GC skewとは実際のところ, じゃあ何か?

GC skew = (C-G)/(C+G) http://www.genomicsplace.com/gc_skew/gc_skew.html

そもそもskewとは英語で, 非対称や歪曲を指す単語だ. 本来, 一本鎖DNAではG含量とC含量は等しくなるはずである(Chargaff's Rule of Base Pairing)が, そこからのずれをこのように指標化する. では似たような単語であるGC contentとは何か?

GC percentage = (G+C) / (A+T+G+C) * 100 GC ratio = (G+C) / (A+T) http://en.wikipedia.org/wiki/GC-content

このどちらかを指す.

skew その1 統計学

2007-07-25T13:59:00.000+09:00

ふとGC skewという単語を思いだし, それって何だろうという話をした. しばらくしてGC contentって単語から考えてskewnessのことだなと推測した. ところでskewnessって何だ? 僕は説明するときに, 確か3次のモーメントで尖度のことだったような, と話したが自信が無く, 今調べた. 半分あたりで半分不正解.

skewness(歪度)は3次のモーメント. kurtosis(尖度)は4次のモーメント. http://ja.wikipedia.org/wiki/歪度

n次のモーメントとはE((x-E(x))**n)のこと. ちなみに面白いことにGC skewはこの定義とは異なっていて, コンピュータの分野でもまた少し違う使われかたをする.